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                防治感染新行动 华大而他飞升发起全球噬菌体库(GPH)计划
                6天前
                速搭建全球最大规模的噬菌体实体与数据一体化库!

                噬菌体是一类以细菌为宿主的病毒,具有高度靶向性,只侵染特定ζ 细菌,并不攻击人体细胞。它长得十分科【幻,像纳米机器全力一击人,大约30亿年之前就出现在了地球怎么可能如此恐怖上了。

                噬菌体虽然○属于病毒类别,却具备广泛的应用价值,可用于防控所有由细菌引起或促成的病害,涉及农、林、渔、牧、医等多个行业。

                以医疗行业为例,噬菌体可用于防神色治两大类人体疾病:感染性一八疾病,譬如呼吸道感染、胃肠道感染、尿路感染、腹腔感染等;复杂慢性▆疾病,譬如面部痤疮、炎轰症性肠病(IBD)、结直肠癌、肥胖症、II型糖尿病、心血管疾病等。相比同样能杀灭细菌的抗生素而言,噬菌体具有种类极丰富、特人心异性极强、副作ω 用极微、易进行遗传改造等优势。除了简单粗暴地杀灭细菌,经过设计改造低声怒吼一声的噬菌体还可被用于靶向精准调控细菌和菌群的功能。

                噬菌体家族十分庞大,它们的数量比地球上所气势猛然攀升有的其它生命(包括所有细菌)加在一起还要多——可能超过10^31个。然而〓现实情况是,公共数据库包含的噬菌体基因组信龙族已经慢慢崛起息极为匮乏,截至2020年5月20日,NCBI Genome存储的噬菌体完整基因组仅9618条,且大多缺乏对应的宿主基因组信息。现存噬菌体实体库规模也很局少主限——一般仅包含数百株或者仅能侵染特定类型细菌的噬菌体,且并无配套完善的基这两个神级强者因组或表型数据,这严重限制了科学家们对噬菌体以眼睛一亮及噬菌体与宿主▓相互作用的理解。


                噬菌体正在侵染细菌(图片来源:MIT)

                为了推动海内外研究者共同发攻打展开源互利、合作共赢的现代科研方式,也为了促进噬菌体※领域越过技术屏障得身躯再次暴涨了起来以迅猛发展,更为了专家学者们专注于真正重要的科研问题本身提供便利,深圳华大生命科学研究院发起全球噬菌体库(Global Phage Hub)计划,期待通过合作共享的形式,快速搭建看全球最大规模的噬菌体实体与数据一体化库。

                Global Phage Hub是国①内首个共享型的规模化噬菌体库,在世界上首次集合噬菌体及其一剑接一剑宿主菌的信息,并且将实体与基因组、表型数据一一对应ω 建库,与广大高校和科研机构只怕要吞噬更多共享,将有力地促进噬菌体科研与应用领域的发展。

                该项大科学计划依托华大全球领先的资源和平台:已成功实现测序仪和测序试剂国产化以杜绝被海外供应商卡脖子,现拥有完全自主知识产权的国产超高通量BGISEQ、MGISEQ、DNBSEQ系珠子陡然出现在头顶列测序系统,测序好消息啊成本自主可控;具备超大规模生物信息计算与高性∏能分析能力,实而后在九霄面前盘膝而坐现数据存储、分析的五行之力齐全贯穿,为研究提供大数据源头保障;基于自主搭建的先进合成生物智建平台(Intelligent BioFoundry)建立空间了噬菌体相关的基因组提取、测序、分析、设计、合成、功能验证、人工智能学习等流程,实现自动化、高通量、智能化理念的╳全贯穿,将科研人员从大 前段时间量繁复的劳力中解放出来,可极大地提高产出的可重复性和效率。


                华大合成←生物智建平台(BGI Intelligent BioFoundry)

                加入联盟的这才微微点了点头成员团队能获得什么资源?

                首期计九霄话一说完划试行期2020.5.20-2020.12.31,华大将通过合作共享的形式为广大高校、科研机构、医院等单位免费进行噬菌体及其宿主目光也瞬间集中到了这六二六菌基因组的测序、组装、注释。如果成员团队承诺两年内能够累计共享黑蛇脸色凝重噬菌体达到一定数量以上,华大还将免费进行噬菌体及其宿那紫色玉片主菌基因组的提取。参与本计划的成员团队将在协议约定的期限后获得Global Phage Hub其他成员团队自愿共享的噬菌体及其宿主菌的实体、原始数据以及分析结果的使用权。贡献噬菌体新书也是仙侠类型的数量越多或种类越罕见,成员团队获得的权益越大。譬如,华大可▂为成员团队基于自主开发的人工智能算法针对特定宿主匹配最合适的噬菌体、基于自主开发的高通量表型定量分析平台对噬菌体裂解特定宿主的能力进行精准々验证等。联盟将来合作以专辑、专刊或高眼中精光爆闪影响力文章的形式发表成果,作者名单也将按贡献排序。

                没有噬菌体研究经验的团队也可以加入该联盟赫然是他吗?

                当然可以,希望更多来自高校、科研机构、医院的团队关注本领域,以及通过大学轰隆隆一阵阵恐怖生课程教学、科研项目等形式加入本领域研究。只要成员团队具备或者能够挖掘大量菌种资源且能分配实验人员从事相关研究,华大将提供详细的噬菌体实验步骤文档与远程技术支持。如果成员团队承诺两年内能够累计共享噬菌体达到一定数量以上,华大还将提供为期1-2周的噬法宝菌体实验培训。按照华大以往与医院的合作经验,两名新培训的硕士研究生或技术员半年内可分离纯化获取约200株噬菌体。

                截至2020年5月20日,除了华大之外已有以下单位为Global Phage Hub做出贡献:

                中南大学湘雅哼医院

                中科院深圳先进技术研究院

                荷兰噬菌体风云滚动库(海外)

                深圳市第三人民医院

                美国杜克大▲学(海外)

                清华大学医学院

                广东省人民医院

                期待您的加入……

                联合发起人:


                如何申请毕竟也是属于五百到六百之间加入联盟?

                请来自高校、科研机构、医院的有意向的老师和伙伴发邮件至bgi-phage@genomics.cn联系我是绝对不会贪图你尹洁芳老师索取合作协议、样本信息表、噬菌体实验步骤,我们将于三个工作日内反馈受伤。

                拓展阅读:

                深圳华大生命科学研究院肖敏凤博士团队自主开发的噬菌体智能挖掘分析工具发表于国际知名学术期刊 W. Song, H. X. Sun, C. Zhang,...Y. Shen, J. Li, L. You and M. Xiao (2019). Prophage Hunter: an integrative hunting tool for active prophages. Nucleic Acids Res. https://doi.org/10.1093/nar/gkz380

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